玩家需要收集八个属性的徽章才能挑战宝可梦联盟。这些徽章分别对应不同属性的道馆，获得徽章后可以提升对应属性宝可梦的能力。第一个是火徽章，位于维吉镇的火山训练场，需要击败水系道馆的擂主才能取得。第二个是直徽章，藏在诺威尔市的体育馆内，战胜擂主及其野生宝可梦方可获得。第三个水晶徽章较为特殊，位于主角家中的隐藏暗格，需要通过技能解谜获取。
第四枚雷徽章出现在后期的玉华市体育馆，玩家需具备较高等级才能挑战。第五枚矿工徽章散落在金银岛的矿洞深处，需穿越机关陷阱才能找到。第六枚芳香徽章位于凤凰镇，需完成收集落花的隐藏任务才能解锁道馆挑战。第七枚心灵徽章在威尼斯，需要通过一系列试炼后击败擂主。第八枚深红徽章需在一之岛完成特定剧情后获取，部分版本中需使用秘密钥匙开启道馆大门。
徽章的获取顺序并非完全固定，但部分道馆对队伍等级有明确要求。例如玉华市的雷系道馆要求玩家至少拥有35级以上的主力宝可梦才能进入。矿工徽章所矿坑存在多层迷宫结构，建议提前准备闪光术等技能。凤凰镇的芳香徽章任务需要与特定NPC交互，触发条件较为隐蔽。
收集全部徽章后，玩家将解锁对战特定属性宝可梦的强化效果，这是挑战四天王的必备条件。每枚徽章除赋予指挥权外，还对应一种秘传技能的使用权限。例如获得深红徽章后可在地图上使用岩浆行走技能。部分徽章的获取涉及跨区域移动，需要先完成主线剧情解锁冲浪、飞行等移动方式。
徽章系统的设计体现了属性相克的核心机制，建议玩家根据道馆属性提前调整队伍配置。火系道馆适合水系与地面系宝可梦，而雷系道馆则需要地面系或具有避雷特性的宝可梦。后期徽章的挑战难度显著提升，队伍中需要配备多种属性的宝可梦以应对不同战术需求。
完成全部徽章收集后，玩家可返回常磐市挑战最终道馆。该道馆馆主为火箭队首领坂木，使用地面系宝可梦，战胜后获得最后一枚徽章并解锁全部秘传技能的使用权限。至此玩家已具备参加宝可梦联盟挑战赛的资格，可以开始准备与四天王及冠军的最终对决。
